化学系・生物系の計算モデル

本書は、ペトリネットを含む状態遷移系の基礎を一通り説明した後、特に化学系・生物系をモデル化するための計算モデルとして、通常の微分方程式やマルチセット書き換え系に加えて、膜構造を持つ状態遷移系、様々な位相構造の入った状態遷移系、離散量と連続量を併せ持つ状態遷移系について解説する。 第1章　化学系と生物系の特徴 1.1 化学反応 1.2 細胞と多細胞系 第2章　状態遷移系の基礎 2.1 状態遷移系とは 2.2 マルチセット書き換え系 2.3 ペトリネット 2.4 確率状態遷移系 第3章　化学反応のモデルとシミュレーション 3.1 連続濃度と決定的なシミュレーション 3.2 マルチセットと確率的シミュレーション 第4章　膜構造を持つ計算モデル 4.1 化学抽象機械 4.2 パイ計算 4.3 確率パイ計算 4.4 アンビエント計算 4.5 P システム 4.6 MARMS 第5章　場におけるモデル 5.1 状態=離散，空間=離散，時間=離散 5.2 状態=連続，空間=連続，時間=連続 5.3 状態=連続，空間=離散，時間=離散 5.4 状態=連続，空間=離散，時間=連続 5.5 その他 第6章　離散と連続の融合した計算モデル 6.1 ハイブリッド・オートマトン・モデル 6.2 ハイブリッド・ペトリネット 参考文献 索引