ゲノムデータ解析

GWASにおけるデータ検証（コールレイト，ハーディ・ワインベルグ平衡等のマーカーQC）から民族集団構造化問題（主成分分析EIGENSTRAT，ゲノミック・コントロール）などを実際の論文を挙げて解説し，Rパッケージを用いた分析手法の紹介，QQプロット，false discovery rate (FDR)，マイナーアレル頻度等からなるサンプルサイズの関係がわかりやすく説明されています。ハプロタイプ，連鎖不平衡（LD），関連解析をはじめ，サンプルQC，遺伝的インピュテーション，SKATやその亜種を含めたレアバリアント解析などの遺伝統計手法を幅広く網羅し，これからゲノムデータ解析を勉強しようという方だけでなく，これまでにゲノムデータ解析に従事・研究されてきた諸兄も振り返って見直せるよう，読みやすい形に仕上がっています。 第1章　ゲノムデータ解析 1.1　ゲノムデータ解析の流れ 　　1.1.1　データの検証 　　1.1.2　GWASとハプロタイプ解析 1.2　数値例:分析と結果 1.3　サンプルサイズ，検出力 1.4　ゲノム遺伝子検査 1.5　まとめ 第2章　ハプロタイプ解析 2.1　ハプロタイプの推定 2.2　連鎖不平衡 　　2.2.1　アレル相対頻度で標準化したD′について 　　2.2.2　ρ2；Δ2 　　2.2.3　ハーディ・ワインベルグ平衡 　　2.2.4　連鎖不平衡の尤度比検定 　　2.2.5　その他の連鎖不平衡係数 2.3　ハプロタイプ・ブロックの同定 2.4　ハプロタイプを利用した関連解析 2.5　まとめ 第3章　遺伝疫学手法 3.1　サンプルQC 　　3.1.1　個体ヘテロ接合度 　　3.1.2　近交係数 　　3.1.3　親縁係数 　　3.1.4　隠れマルコフモデルによる近交係数推定 　　3.1.5　隠れマルコフモデルによる親縁係数推定 　　3.1.6　集団階層化 3.2　遺伝的インピュテーション 　　3.2.1　ウェレク・ジーグラー相関係数 3.3　SNP　データを用いた遺伝率推定 3.4　集団構造または家系構造がある場合のケース・コントロール関連解析 3.5　レアバリアント解析 　　3.5.1　負荷検定 　　3.5.2　分散成分検定 　　3.5.3　複合検定 参考文献 索引